本作品舞台设定于前作一万二千年后的世界作为普通市民的阿玛塔?空在播放《Aquaria舞动于空》的戏院中遇到看一次就迷上电影的御子乃?铃白二人后来亦因为这个话题而开始到城中闲逛这时候Altair界向他们生活的城镇进行两年来几乎没有停过的攻击不同的是今次出现了新型Abductor令人类一方——由圣天使学园学生操控的机械天使Aquaria没法招架战火很快波及到刚刚认识的二人阿玛塔在危急关头使用身体潜在的Element能力飞走却又突然被Aquaria系统选中为Vector Z驾驶员……终焉所引