小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇见了危险的风暴流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上这里即将举行热闹的大型庆典而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子 配音）弗卢拉选中了小智作为庆典的“指挥者”他的任务是前往三圣岛找到隐藏在岛上的玻璃球只有集齐三颗玻璃球才能够正式开启庆典 　　就这样小智和伙伴们踏上了寻找玻璃球的旅途哪知道不仅遇到了前来捣乱的火箭队还遭到了闪电鸟的袭击就在千钧一发之际吉尔露现身捕捉了闪电鸟之后又企图捕捉急冻鸟吉尔露的最终目的是召唤出传说中的神兽洛奇亚让吉尔露没有想到的是火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟之前竟然开始了激烈的战斗