故事讲述了被分到问题学生云集的D班的绫小路清隆和他的同学们在学校里挣扎求生的故事在TV动画第四季《欢迎来到实力至上主义教室 第四季：二年级第一学期》中春假过后绫小路和轻井泽成为了情侣而堀北也不再崇拜她才华横溢的哥哥岳随着他们关系的逐渐变化他们也升入了二年级绫小路和其他二年级新生即将迎来他们的第一场特殊考试——笔试他们将与一年级新生搭档然而一年级新生中竟潜伏着月城从白屋派来的刺客这种跨越年级界限的全新关系究竟会带来风暴还是平静校园生活的第二年就此拉开帷幕