故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」　　在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭　　然而在世界受到这样的威胁时有一名决斗者站了出来而他的名字正是「Playmaker」　　在那场传奇的战斗中「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序一度拯救了世界然后却突然消声匿迹了而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播成为了传说　　而现在作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作为了寻找过去发生的某件事件的真相对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机命运的齿轮就此转动……　　迷之AI的真身「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的以及隐藏在游作过去的真相到底是———　　所有的答案都在「Link Vrains」中