故事的舞臺(tái)是互聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)發(fā)達(dá)的都市「DEN CITY」　　在那里有經(jīng)由巨型企業(yè)「SOL技術(shù)社」通過(guò)高度的網(wǎng)絡(luò)技術(shù)構(gòu)筑而成的被稱為「LINK VRAINS」的VR空間人們都在那個(gè)VR空間中為體驗(yàn)到全新的決斗而狂熱可是在「LINK VRAINS」中卻出現(xiàn)了利用決斗來(lái)進(jìn)行黑客行為的謎之黑客集團(tuán)「海諾因騎士團(tuán)」而他們的目標(biāo)是將存在于互聯(lián)網(wǎng)的某處的“AI們的世界=電子界”毀滅　　然而在世界受到這樣的威脅時(shí)有一名決斗者站了出來(lái)而他的名字正是「Playmaker」　　在那場(chǎng)傳奇的戰(zhàn)斗中「Playmaker」使用壓倒性的決斗將「海諾因騎士團(tuán)」打倒成功捕獲了「SOL技術(shù)社」和「海諾因騎士團(tuán)」都想要得手的迷之AI程序一度拯救了世界然后卻突然消聲匿跡了而他的名字就在互聯(lián)網(wǎng)的世界中一瞬間變得聲名遠(yuǎn)播成為了傳說(shuō)　　而現(xiàn)在作為「Playmaker」的正體的某位高中生藤木游作為了尋找過(guò)去發(fā)生的某件事件的真相對(duì)再次在「VRAINS」出現(xiàn)的「海諾因騎士團(tuán)」展開(kāi)了追擊...... 以此為契機(jī)命運(yùn)的齒輪就此轉(zhuǎn)動(dòng)……　　迷之AI的真身「海諾因騎士團(tuán)」盯上「Link Vrains」的目的以及隱藏在游作過(guò)去的真相到底是———　　所有的答案都在「Link Vrains」中