《怪物弹珠第2季》接续第一季的剧情与握有钥匙的水泽葵影月明若叶皆实一起如今的莲正迈出通往谜团的一步主人公·焰莲回到曾经住过的街道·神之原感受到了违和感他确实应该在这条街道住过却对那时的事情没有记忆此时莲的智能手机突然被安装了从没见过的游戏其名为《怪物弹珠》他带着从手机中飞向现实世界的怪物在街道中展开了战斗经过战斗莲注意到了在自己体内沉睡的谜之记忆的正体以及怪物弹珠究竟是何物与握有钥匙的水泽葵、影月明、若叶皆实一起如今的莲正迈出通往谜团的一步对于前方沉睡着无法想象的真相一事仍然一无所知